Accusée d'un crime à tort et condamnée à la prison à vie, Nikita est emmenée dans une organisation secrète de lutte contre le terrorisme où l'on fait d'elle un agent secret. Avec l'équipe de la Section Une, elle doit remplir des missions et lutter pour sa propre survie.La série est inspirée du film Nikita de Luc Besson.
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